Oprócz podstawowych zmian w organizmie kobiety dochodzi również do zmian w układzie odpornościowym. W trakcie ciąży układ ten oprócz swoich podstawowych funkcji takich jak obrona przed czynnikami infekcyjnymi, musi sobie poradzić z rozwijającym się wewnątrz organizmu genetycznie autonomicznym organizmem. Dlatego tez dochodzi do bardzo wielu zmian w immunologii kobiety.
Dużą rolę w prawidłowym rozwoju płodu odgrywa łożysko, które wytwarza szereg czynników immunosupresyjnych takich jak: transformujący czynnik wzrostowy beta 2, interleukinę 10, łożyskowy czynnik supresorowy, czynnik pochodzący z komórek trofoblastu, białko łożyskowe 14 czy estrogeny i progesteron obniżające odporność kobiety. Dodatkowo organizm matki wytwarza tzw. przeciwciała blokujące, które hamują aktywność limfocytów matki, skierowanych przeciwko komórkom płodu oraz blokują powstawanie limfocytów cytotoksycznych zdolnych do odpowiedzi przeciwko antygenom płodu.
W organizmie kobiety dochodzi również do osłabienia odpowiedzi komórkowej związanej z walką z patogenami bytującymi wewnątrz komórki. Zwiększa swoją aktywność natomiast odpowiedź nieswoista związana ze wykrywanie i likwidowanie czynników bakteryjnych. Jak więc widać praca układu odpornościowego u kobiet w ciąży jest znacznie wzmożona. Czynniki dietetyczne, które spożywamy na co dzień mogą dodatkowo obciążyć pracę układu odpornościowego przyszłej mamy. Dostające się do układu pokarmowego składniki odżywcze mogą przejść przez barierę jelitową w nie do końca strawionej i „rozdrobnionej formie”. Układ immunologiczny nie jest w stanie rozpoznać takich substancji i traktuje je jako zagrożenie dla organizmu. Uruchamia skomplikowane mechanizmy reakcji immunologicznej w skutek czego we krwi powstają kompleksy immunologiczne wywołujące przewlekły stan zapalny w organizmie.
Proces zapalny u kobiety ciężarnej natomiast wykazuje większą dynamikę a do tego ustrój nie jest do końca wydolny. Przewlekły stan zapalny w organizmie może doprowadzić do daleko idących zmian w narządach i układach organizmu matki. Co więcej reakcje immunologiczne spowodowane nietolerancją pokarmową mogą się przyczynić do wystąpienia nietolerancji także u dziecka. Dlatego tak ważne jest by jak najszybciej wykryć produkty spożywcze wywołujące reakcje układu immunologicznego, wyeliminować je z diety i wdrożyć dietę fenotypową dostosowana do naszego fenotypu. Tylko wtedy jesteśmy w stanie odpowiednio ustrzec siebie i nienarodzone jeszcze maleństwo przez rozwojem patologicznych zmian w organizmie.